La principal causa de la existencia de la internet profunda es la imposibilidad de los motores de búsqueda (Google, Yahoo, Bing, etc.) de encontrar o indexar gran parte de la información existente en Internet. Si los buscadores tuvieran la capacidad para acceder a toda la información entonces la magnitud de la «internet profunda» se reduciría casi en su totalidad. No obstante, aunque los motores de búsqueda pudieran indexar la información de la internet profunda esto no significaría que esta dejara de existir, ya que siempre existirán las páginas privadas. Los motores de búsqueda no pueden acceder a la información de estas páginas y sólo determinados usuarios, aquellos con contraseñas o códigos especiales, pueden hacerlo.